Одним з дивних властивостей ДНК тварин є її надмірність, тобто в геномі міститься величезна кількість послідовностей, зміни в яких жодним чином не позначаються на ознаках, вони не є генами не кодують білки. Однією з таких послідовностей є група коротких тандемних повторів ( STR - short tandem repeat ) - вони присутні на всіх хромосомах, а всього в геномі їх може бути кілька сотень. Область хромосоми , в якій знаходиться повтор прийнято називати локусом . Відмінною особливістю STRє те, що вони складаються з багато разів повторених одних і тих же блоків, кількість яких може варіювати в різних межах, визначаючи довжину всього локусу, тобто в геномі тварини міститься безліч локусів, STR в яких мають різну довжину. Всі тварини, включаючи людину, унікальні не тільки по видимим ознакам, а й за поєднанням довжин STR в серії локусів.

Логічно, що якщо виміряти довжини STR в одному і тому ж локусі у різних тварин - вони можуть відрізнятися, але можуть і збігтися (варіювання довжин обмежено), тому, як було підраховано статистично, щоб ідентифікувати практично унікально кожна тварина всередині одного виду необхідно виміряти довжини STR як мінімум в 15-20 різних локусах у однієї тварини - це дозволить з вірогідністю не менше 99,7% стверджувати, що на планеті більше немає тваринного з таким же поєднанням довжин STR . Решта 0,3% - ймовірність того, що все-таки може знайтися ще одне таке ж тварина - подія вкрай рідкісна, але все-таки ймовірне. Чим більше локусів буде взято для вимірювання - тим менше ймовірність випадкового збігу з іншим тваринам.

Вимірювання розмірів 18 локусів в межах однієї породи дозволяє з імовірністю не менше 99,9% ідентифікувати кожну тварину в популяції - це називається генетична ідентифікація.

Важливим обмеженням на встановлення спорідненості, особливо для високоімбридних порід, є низька його достовірність в тих випадках, коли ставиться питання про батьківство (або материнство) між собаками одного посліду або від одних батьків (тобто братами або сестрами, наприклад, хто з двох братів реально є батьком цуценя), або батьками та їхніми дітьми (наприклад, хто є реальним батьком цуценя: його очікуваний батько або дід по родоводу) - слід пам'ятати, що в цьому випадку, незважаючи на статистичну високу достовірність, результат підтвердження спорідненості може виявитися недостовірним в силу високої генетичної близькості братів / сестер та їхніх батьків. У цих випадках ми не рекомендуємо проводити встановлення генетичного споріднення, тому що його результат при технічній достовірності може ввести в оману.

В результаті проведення генетичної ідентифікації собаки видається генетичний паспорт, який може бути використаний в подальшому при встановленні спорідненості - при цьому повторний аналіз біологічного матеріалу не потрібно.